乳腺癌治療主要以手術化療、放療、內分泌治療和靶向治療五大治療手段為主。由于激素受體檢測為陰性(ER、PR)，所以臨床上的內分泌治療對三陰乳腺癌無效，而HER-2表達為陰性。以曲妥珠單抗(赫賽汀)治療為代表的靶向治療也不適合應用，故該類型病人化療是一較成熟的治療手段，臨床上所使用的蒽環類、紫杉類藥物都是可以選擇的方案，還有鉑類藥物可以引起DNA的雙鍵斷裂，對此類型腫瘤更為敏感。
乳腺癌的生物學行為與其分子生物學指標關系密切，其中最主要的是雌激素受體(ER)、孕激素受體(PR)及人表皮生長因子受體2(HER2)的狀態。這三個指標的不同狀態不僅可以預測患者的臨床生物學行為，還可指導相應治療方案的制定。如ER、PR陽性，意味著患者可能會自內分泌治療收益;而HER2陽性則意味著患者可能對曲妥珠單抗治療有效。
根據這三個指標狀態的不同組合，則出現了ER和/或PR陽性、HER2陰性，ER和/或PR陰性、HER2陽性，三者均陰性(即所謂三陰乳腺癌)等不同分組。如果再加入其他分子生物學指標如表皮生長因子受體(EGFR)、增殖指數等，則會有更多不同的組合。
由此可以看出，分子分型和組織學分型是兩個不同的分類方法，因此二者之間不能直接畫等號。
三陰乳腺癌各指標的的預后及預測意義
大規模臨床隨機試驗證實，ER的預后判斷價值較小，但它對內分泌治療(如他莫昔芬)的預測作用強。他莫昔芬與ERα結合，抑制雌激素對腫瘤細胞生長的刺激作用，可顯著減少癌癥復發，延長所有分期的ERα陽性浸潤性乳腺癌患者的生存期。 PR表達水平與內分泌治療反應直接相關，且即使PR陽性腫瘤細胞數量很少(≥1%)也可能對內分泌治療有顯著反應。
在缺乏全身性輔助治療時，HER2陽性乳腺癌患者的預后差，復發率和死亡率都很高，具有顯著的不良預后意義。治療方面，HER2陽性對蒽環類抗生素和紫杉烷類為基礎的治療有預測意義。自從針對HER2的單克隆抗體曲妥珠單抗獲批用于部分乳腺癌的治療以來，HER2檢測更具有了重要的指導治療意義。
三陰性乳腺癌轉移部位：肺40%;肝20%;腦30%;骨10%。而非三陰性乳腺癌轉移部位：肺20%;腦10%;肝30%;骨40%.
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